Verën e vitit të parë të shkollës së mesme, Hodaka ia mbath nga shtëpia e tij në ishullin e largët, për të shkuar në Tokio, ku zë miqësi me një vajzë që duket se është në gjendje të manipulojë motin.
Kur një figurë misterioze fillon të shënjestrojë Alkimistët e Shtetit për mëkatet e tyre kundër Zotit, Alkimisti Eduard Elrik dhe vëllai i tij Alphonse janë më të pambrojturit, ndërkohë që homunkulët fillojnë të shfaqen edhe një herë.
