Kanë kaluar 2 vite që kur Motoko Kusanagi u largua nga Seksioni 9 dhe Togusa është lider i skuadrës. Seksioni i ri i zgjeruar përballet me një sërë vetëvrasjesh e incidentesh, edhe gjatë hetimeve zbulohet se dikush me pseudonimin "Mjeshtri i kukullave", qëndron pas ndodhive. Por kush është "Mjeshtri i kukullave"?